Την Τρίτη 22 Οκτωβρίου 1991 και ώρα 14:30 συνήλθε στην αίθουσα συνεδριάσεως της Ιεράς Συνόδου του Πατριαρχικού Οίκου η Ενδημούσα Σύνοδος του χηρεύοντος Οικουμενικού Θρόνου ΚΠόλεως και αφού ανακοίνωσε στη Σύνοδο ο Προεδρεύων Αυτής ότι έλαβε "το σύμψηφο" δηλαδή την εξουσιοδότηση και όλων των άλλων Ιεραρχών του Θρόνου κατάρτισε η Σύνοδος με μυστική ψηφοφορία το τριπρόσωπο ψηφοδέλτιο. Στη συνέχεια κατέβηκαν όλα τα μέλη της Ενδημούσας Συνόδου στον Πατριαρχικό Ναό του Αγίου Γεωργίου, όπου έγινε η ψηφοφορία μετά την οποία ανακοινώθηκε ότι εξελέγη παμψηφεί ο Μητροπολίτης Γέρων Χαλκηδόνος κ. Βαρθολομαίος.

Στις 24 Οκτωβρίου ανακοίνωσε ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος στην Ενδημούσα Σύνοδο τις Προγραμματικές Του Δηλώσεις.

Η τελετή ενθρονίσεώς Του έγινε το Σάββατο 2 Νοεμβρίου 1991, οπότε και διάβασε τον Ενθρονιστήριο λόγο Του.

Αμέσως άρχισε να πραγματοποιεί το έργο Του, όπως το εξήγγειλε τόσο στις προγραμματικές Του δηλώσεις όσο και στον Ενθρονιστήριο λόγο Του. Από αυτές τις δραστηριότητες της Πατριαρχίας Του θα σας αναφέρω σε συντομία, κατά τη γνώμη μου, μόνο τις πιο σημαντικές.

Μετά την εκλογή και ανάρρηση Του στον Αποστολικό και Πατριαρχικό Οικουμενικό Θρόνο η πρώτη σημαντική ενέργεια του Πατριάρχου ήταν η πρόσκληση και συγκέντρωση στην ΚΠολη από 13 μέχρι και 15 Μαρτίου του 1992 όλων των Προκαθήμενων των Ορθοδόξων Εκκλησιών. Η πρώτη αυτή ιστορική Σύναξη, που συνήλθε σε αίθουσα του Θρόνου του Πατριαρχικού Οίκου, εξέτασε θέματα που αφορούσαν τη ζωή και τη μαρτυρία όλων των Ορθοδόξων Εκκλησιών, αλλά και θέματα καίρια του σύγχρονου προβληματισμού.

Σε εφαρμογή των προγραμματικών Του δηλώσεων πραγματοποιείται, ανά διετία, Σύναξη των εν ενεργεία Ιεραρχών του Οικουμενικού Θρόνου. Μέχρι σήμερα συνήλθαν τέσσερις φορές (1992, 1994, 1996 και 1998) για να εκθέσουν κάθε ένας χωριστά τα κυριώτερα από τα προβλήματα που απασχολούν το ποίμνιο τους στις ανά τον κόσμο Επαρχίες τους και να ζητήσουν τις δέουσες οδηγίες και κατευθύνσεις. Πραγματοποιήθηκαν στο Φανάρι υπό την Προεδρεία Του δύο Συνάξεις των Ιεραρχών της Δωδεκανήσου και εξετάσθηκαν θέματα που αφορούσαν την εκκλησιαστική αυτή περιοχή και την ευθύνη και αποστολή του Οικουμενικού Πατριαρχείου στο χώρο της Δωδεκανήσου (5-8 Φεβρουάριου 1993), (26-28 Απριλίου 1995). Επί της Πατριαρχίας Του συγκροτήθηκε κανονικώς η Ιεραρχία της Εκκλησίας Αλβανίας (1992, 1998), ενσωματώθηκαν οι Ορθόδοξες Ουκρανικές Κοινότητες της Διασποράς στο Οικουμενικό Πατριαρχείο (1995), ενεργοποιήθηκε και πάλι το Αυτόνομο της Εκκλησίας Εσθονίας (1996), ενσωματώθηκαν, οι υπό τη Μονή Οσίας Ειρήνης της Χρυσοβαλάντου και των Μετοχίων αυτής ανήκοντες παλαιοημερολογίτες της Αμερικής, στο Οικουμενικό Πατριαρχείο (1998) και ανυψώθηκε η Αυτόνομη Εκκλησία της Τσεχiας και Σλοβακίας σε Αυτοκέφαλη (1998).

Με κοινή Πράξη των Ορθοδόξων Εκκλησιών Κωνσταντινουπόλεως, Αλεξανδρείας, Κύπρου και Ελλάδος και υπό την Προεδρεία του Οικουμενικού Πατριάρχου συγκλήθηκε τρεις φορές η Μείζων και Υπερτελής Σύνοδος στο Φανάρι (30-31 Ιουλίου 1993, 14 Δεκεμβρίου 1993 και 21 Απριλίου 1994) καθώς επίσης και μία φορά, μετά από αίτηση του Πατριάρχου Βουλγαρίας, στη Σόφια από 30 Σεπτεμβρίου μέχρι και 1 Οκτωβρίου 1998, προκειμένου να λάβει αποφάσεις για σοβαρά κανονικά προβλήματα που ενέσκηψαν σε επί μέρους Ορθόδοξες Εκκλησίες.

Επί της πατριαρχίας Του έγινε τη Μεγάλη Εβδομάδα του 1992 (20-23 Απριλίου) ο καθαγιασμός ποσότητας Αγίου Μύρου.

Επί της Πατριαρχίας Του (1992-2000), ανακηρύχθηκαν ως Άγιοι και κατατάχθηκαν από την Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου στο Αγιολόγιο της Ορθοδόξου Εκκλησίας 173 Όσιοι και Μάρτυρες. Ήταν επί κεφαλής στις εορταστικές εκδηλώσεις στην Πάτμο για την επέτειο 1900 χρόνων από τη συγγραφή της Αποκαλύψεως του Ιωάννου. Με την ευκαιρία αυτή συγκάλεσε α) Σύναξη των αρχηγών των κατά τόπους Ορθοδόξων Εκκλησιών, β) Διεθνές Οικολογικό Συμπόσιο με έμφαση για τη μόλυνση των θαλασσών και γ) Διεθνές Επιστημονικό Συνέδριο για το ιερό βιβλίο της Αποκαλύψεως (Σεπτέμβριος 1995).

Έπειτα από πρόσκληση του Προέδρου της Επιτροπής των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων κ. Jacques Delors επισκέφθηκε στις Βρυξέλλες στις 12 Μαΐου 1993 την έδρα των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων. Τον επόμενο χρόνο στις 19 Απριλίου 1994 μετά από ομόφωνη απόφαση του Προεδρείου του Ευπωπαϊκού Κοινοβουλίου, προσκλήθηκε, χωρίς να είναι αρχηγός κράτους, όπως προβλέπεται από τον Κανονισμό του Κοινοβουλίου, και μίλησε στην ολομέλεια υπό την ιδιότητα του θρησκευτικού ηγέτη. Επίσης προσκλήθηκε και μίλησε στην ολομέλεια της Unesco (1995), στο Παγκόσμιο Οικονομικό Forum του Davos και στο "Forum 2000" της Πράγας (1999).

Συγκάλεσε μεταξύ 10 και 17 Μαΐου 1997 Συνέδριο των Ορθοδόξων Γυναικών με θέμα "Διακρίνειν τα σημεία των καιρών: Οι γυναίκες στη ζωή της Ορθοδόξου Εκκλησίας" .Στο συνέδριο αυτό έλαβαν μέρος γυναίκες από 20 χώρες της Ευρώπης, Μέσης Ανατολής, Αμερικής και Ωκεανίας.

Στις 31 Μαΐου 1992 δέχθηκε τον Πρίγκηπα Φίλιππο, Δούκα του Εδιμβούργου και την επομένη 1 Ιουνίου οργάνωσαν από κοινού στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης Ημερίδα με θέματα την προστασία του περιβάλλοντος. Στις 9 Νοεμβρίου 1993 ανταπέδωσε την επίσκεψη προς Αυτόν στο Ανάκτορο του Μπάκιγχαμ. Εγκαινίασε στη Μονή της Αγίας Τριάδος Χάλκης Οικολογικό Σεμινάριο μέσα στα πλαίσια μιας σειράς θερινών εκπαιδευτικών προγραμμάτων για κληρικούς και λαϊκούς 1.- στις 20 Ιουνίου 1994 με θέμα " Θρησκευτική Παιδεία και Περιβάλλον", 2.- στις 12 Ιουνίου 1995 με θέμα "Περιβάλλον και Ηθική", 3.- στη 1 Ιουλίου 1996 με θέμα "Περιβάλλον και Επικοινωνία", 4.- στις 25 Ιουνίου 1997 με θέμα "Περιβάλλον και Δικαιοσύνη", 5.- στις 14 Ιουνίου 1998 με θέμα "Περιβάλλον και πτωχεία. Νομικαί Διαστάσεις και Ηθική Ευθύνη". Ίδρυσε το Οικολογικό Ινστιτούτο Χάλκης, που λειτούργησε από 5 μέχρι και 20 Ιουνίου 1999, και έλαβαν μέρος θεολόγοι, περιβαλλοντολόγοι και φυσικοί επιστήμονες από Τουρκία, Γεωργία, Ρωσία, Ουκρανία, Ρουμανία, Βουλγαρία, Ελλάδα, Τσεχία και Γαλλία .

Έλαβε μέρος στα Διεθνή Διαθρησκειακά Οικολογικά Συνέδρια στην Ιαπωνία και στην Αγγλία (1995), οργάνωσε το Σεπτέμβριο 1997 μαζί με τον κ. Jacques Santer το Β. Διεθνές Οικολογικό Συμπόσιο για τη Μαύρη θάλασσα, όπως και τον Οκτώβριο του 1999 με τον κ. Romano Prodi το Γ. Διεθνές Οικολογικό Συμπόσιο για την προστασία του Δούναβη. Συμμετείχε 1. στο Διεθνές Συνέδριο των τριών μονοθεϊστικών θρησκειών Χριστιανισμού, Ιουδαϊσμού και Μουσουλμανισμού περί "Ειρήνης και Ανεξιθρησκείας", που έγινε στην Πόλη μεταξύ 7 και 9 Φεβρουαρίου 1994, 2. στην 6η Γενική Συνέλευση της Παγκόσμιας Διάσκεψης επί της Θρησκείας και της Ειρήνης (World Conference οn Religion and Peace), που έγινε στις 3 Νοεμβρίου 1994 στη Riva del Garda της Ιταλίας, 3. στο Διαθρησκειακό Συνέδριο με θέμα "Διάλογος Πολιτισμών και Θρησκειών", που έγινε στην Πόλη στις 7 Μαρτίου 1998, 4. Στο Διαθρησκειακό Συμπόσιο περί του Πατριάρχου Αβραάμ στη Χαρράν στις 13 Απριλίου 2000.

Πραγματοποίησε επίσημες επισκέψεις σε όλες σχεδόν τις αδελφές Ορθόδοξες Εκκλησίες, άλλες Χριστιανικές Εκκλησίες και Ομολογίες και σε Διαχριστιανικούς και Διεθνείς Οργανισμούς και σε Επαρχίες του Θρόνου.

Οι τίτλοι που Του απονεμήθηκαν είναι πολλοί όπως και οι αναγορεύσεις ως επιτίμου Διδάκτορος διαφόρων Τμημάτων Πανεπιστημίων του κόσμου. Εδώ θα σταχυολογήσω, κατά τη γνώμη μου, τις πιο σημαντικές τιμητικές διακρίσεις που Του έγιναν μέχρι σήμερα. Έτσι το 1996 εξελέγη Επίτιμο Μέλος της Ακαδημίας Αθηνών, το 1997 Του απενεμήθη από το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης η μεγαλυτέρα τιμητική διάκριση Αυτού, ο "Χρυσούς Αριστοτέλης" και το 1999 το χρυσούν μετάλλιο του Παντείου Πανεπιστημίου και της πόλεως των Αθηνών.

Επίσης αναγορεύθηκε σε επίτιμο Διδάκτορα 1. Του Πανεπιστημίου City του Λονδίνου στις 31 Μαΐου 1994, 2. Του Τμήματος Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου στις 27 Οκτωβρίου 1994, 3. Του Ορθοδόξου Ινστιτούτου του Αγίου Σεργίου των Παρισίων και του Κανονικού Δικαίου του Πανεπιστημίου Aix-en-Provence τον Νοέμβριο 1995, 4. Του Ρωμαιοκαθολικού Φλαμανδοφώνου Πανεπιστημίου της Louvain 5. Του Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου της Σκωτίας στις 5 Ιουλίου 1996, 6. Των δύο Τμημάτων της Θεολογικής Σχολής, ως και των Σχολών Νομικής, Φιλοσοφικής και Δασολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης στις 1 Οκτωβρίου 1997, 7. Του Τμήματος Μηχανικών του Περιβάλλοντος του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης στην Ξάνθη στις 2 Οκτωβρίου 1997, 8. Της Θεολογικής Σχολής του Τιμίου Σταυρού Βοστώνης και άλλων τεσσάρων Πανεπιστημίων της Αμερικής το 1997, 9. Του Πανεπιστημίου Ιασίου της Ρουμανίας το 1997, 10. Του Πανεπιστημίου Yale της Νέας Υόρκης Αμερικής στις 25 Μαΐου 1998, 11. Του Πανεπιστημίου Πρέσωβ της Τσεχίας και Σλοβακίας και το χρυσούν Μετάλλιο του Πανεπιστημίου τον Ιούνιο 1998, 12. Της Θεολογικής Ακαδημίας Βαρσοβίας τον Οκτώβριον 1998, 13. Όλων των Τμημάτων του Πανεπιστημίου Αθηνών στις 21 Μαϊου 1999, 14. Του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών στις 23 Μαΐου 1999 και 15. Πέντε Τμημάτων του Πανεπιστημίου Πατρών στις 21 Οκτωβρίου 2000.

Μετά από τα ελάχιστα των πολλών αυτό που σαν κατακλείδα μπορεί να προσθέσει ο ελάχιστος των ομογαλάκτων αδελφών στον Πρώτο της Μητρός Εκκλησίας του Φαναρίου είναι να υποβάλλει σέβη. Επίσης να ευχηθεί όπως "ο εν Τριάδι υμνούμενος Θεός δια πρεσβειών της προστάτιδος" της Πόλης και του κόσμου Θεομήτορος καθώς καν δια πρεσβειών Αποστόλου Ανδρέου του Πρωτοκλήτου αξιώσει την Παναγιότητά Του να συνεχίσει επί πολλά χρόνια με υγεία την υψηλή και εξόχως υπεύθυνη Πρωθιεραρχική Του διακονία. Για το γεγονός της επισκέψεως Οικουμενικού Πατριάρχη στον τόπο του Μαρτυρίου του πρώτου Επισκόπου της Βασιλίδος των Πόλεων και της Επαρχίας ταύτης καθώς και της συμπληρώσεως εννέα χρόνων από της εκλογής και ανόδου στον Πανίερο Οικουμενικό Θρόνο Κωνσταντινουπόλεως Βαρθολομαίου του Α., ο εκ των Ταύλα της Πόλεως Κωνσταντίνου ορμώμενος αδελφός, Του εύχεται όπως η Πατριαρχία Του ευλογείται αμετάπτωτα από το Θεό για να πραγματώνει "πάντα όσα αγαθά στοχάζεται και εν γενναιότητι ψυχής και συλλήψεως επιδιώκει, προγραμματίζει και προωθεί" για την Εκκλησία γενικώς και ειδικώτερα για την επαναλειτουργία της κοινής Τροφού Θεολογικής Σχολής της Χάλκης.